Franche-Comté, (suite)
Au cours des partages mérovingiens subsiste un royaume de Bourgogne, qui comprend le futur duché, la future comté et la Provence. Royaume à l'existence intermittente, il est malgré tout une réalité géographique vécue par les hommes du haut Moyen Âge, dont le souvenir perdure jusqu'au XIIIe siècle. Bien que le traité de Verdun (843) coupe en deux le pays bourguignon, faisant de la future Franche-Comté une terre d'Empire, il existe un royaume bourguignon - au moins dans les titres - de 888 à 1027, qui revient à l'empereur Conrad II. Au sein de ce royaume, les comtes de Bourgogne, depuis Otte Guillaume (mort en 1027), cherchent à s'émanciper de la tutelle impériale ; le comte Renaud III, qui s'intitule « franc-comte » en 1127, y parvient grâce à l'affaiblissement de l'empereur Henri V. Mais, aux XIIe et XIIIe siècles, la succession des comtes de Bourgogne erre entre la famille impériale, les ducs de Méranie et les comtes de Chalon, puissants féodaux qui marginalisent le pouvoir comtal.
Otton IV (mort en 1303), dernier comte de Bourgogne, marie sa fille Jeanne à l'un des fils de Philippe le Bel, le futur Philippe V, et lui cède en dot toute la comté en 1295. Leur fille épouse le duc de Bourgogne Eudes IV, réunissant ainsi les deux Bourgognes, partagées en 1350, puis à nouveau réunies en 1384 lorsque Philippe le Hardi devient duc de Bourgogne. La Franche-Comté, dont le nom apparaît dans une charte en 1365, suit le sort de l'État bourguignon. L'exploitation des salines et le contrôle des routes du sel, dont témoignent les villes de Salins et Lons-le-Saunier, favorisent l'essor économique de la province. Dole, capitale politique, et Besançon, métropole religieuse, prospèrent.
Disputée, après la mort de Charles le Téméraire (1477), entre le roi de France Louis XI et Maximilien de Habsbourg, la Franche-Comté rejoint l'Empire au traité de Senlis de 1493, jusqu'à la paix de Nimègue, signée par Louis XIV en 1678. Elle est alors intégrée sans difficulté au royaume de France : depuis plusieurs siècles, la nécessité d'une entité politique intermédiaire entre France et Germanie ne se faisait déjà plus sentir.