Le Directoire s'engage à nouveau dans un anticléricalisme jacobin, rendant vaine même la tentative du directeur La Revellière-Lépeaux, qui invente une religion officielle, la « théophilanthropie », sorte de synthèse des cultes protestant et catholique et des rituels révolutionnaires et francs-maçons. Quelques directeurs font condamner à l'exil ou à la mort les prêtres réfractaires revenus en France et en Belgique, pays où le clergé paie le plus lourd tribut. Des églises sont à nouveau dévastées et le pape Pie VI, déchu après l'entrée des armées françaises à Rome (février 1798), puis retenu en détention, meurt en France en août 1799. Le Directoire revient finalement à une religion civique, un « culte décadaire », censé extirper le catholicisme - cela ancrera ensuite la Révolutuion dans les traditions antireligieuses. Mais les populations ne respectent pas les décadis, auxquels ils préfèrent les dimanches, et protègent les prêtres catholiques redevenus clandestins.

La Révolution a donc échoué à transformer le tissu social ; elle cherche sa dernière raison d'être dans l'expansion nationale et le pouvoir de l'armée - élément de l'héritage jacobin - lui aussi détourné de son sens originel.

La Révolution et la « Grande Nation »

La guerre s'est prolongée contre l'Angleterre et l'Autriche. Alors que des armées françaises piétinent sur le Rhin et que les Anglais gardent le contrôle des mers et des colonies (excepté Saint-Domingue), les prouesses du général Bonaparte, commandant de l'armée d'Italie, font basculer les équilibres. Devant les menaces d'invasion qui pèsent sur le Tyrol, l'empereur d'Autriche est obligé d'accepter les préliminaires de paix proposés par Bonaparte (préliminaires de Léoben, 18 avril 1797). Le jeune général remporte des succès militaires inespérés, qui font de lui le sauveur du régime. Le 17 octobre, il impose à l'Autriche un traité de paix, signé à Campoformio, sans en référer au Directoire. L'Italie du Nord est partagée : l'Autriche garde la Vénétie - pourtant conquise par Bonaparte -, à l'exception des côtes ioniennes ; la Lombardie est annexée, tandis que la Cisalpine et la Ligurie deviennent des « Républiques sœurs », et les États du pape, une « République romaine ». Après l'échec d'une attaque visant à restaurer le pouvoir pontifical, le royaume de Naples est conquis à son tour, et transformé en « République parthénopéenne » (janvier 1799). L'ensemble de l'Italie est ainsi soumis directement ou indirectement à la France. Au nord, les Pays-Bas, mués en « République batave » depuis février 1795, sont également placés sous sujétion française ; tandis que la France a annexé la Belgique en octobre 1795 et qu'elle contrôle la rive gauche du Rhin. Sous des prétextes politiques, la Suisse est elle aussi envahie, et une « République helvétique » est proclamée (avril 1798), malgré une résistance paysanne parfois virulente.

Ces succès, qui reposent pour une part sur l'engouement que la Révolution française a suscité chez certains réformateurs étrangers, se révèlent en fait fragiles. Les populations européennes se révoltent rapidement contre les Français ; en Suisse, une véritable insurrection se développe dans les montagnes ; en Belgique, les campagnes catholiques sont le théâtre de la « guerre des paysans » ; en Italie du Sud, enfin, des bandes se soulèvent au nom de la religion. Des forces anglaises réussissent à débarquer en Hollande (mai 1799), tandis que les troupes françaises capitulent dans Naples, assiégée par les ruraux armés et par l'amiral Nelson, qui tient la mer. Enfin, un vaste mouvement contre-révolutionnaire essaie de coordonner des soulèvements en France avec une offensive sur les frontières. Des villes sont prises momentanément en Bretagne durant l'automne 1799, après qu'un assaut sur Toulouse a échoué et entraîné la mort de quelques milliers de personnes. La crise militaire met ainsi à nouveau en jeu l'existence du régime. L'expédition d'Égypte, dans laquelle Bonaparte s'est lancé dès le printemps 1798, tourne court, après des débuts prometteurs. Les Anglais détruisent la flotte française à Aboukir le 1^er août, et si Bonaparte peut entrer dans Gaza (février 1799), il échoue devant Saint-Jean-d'Acre (mars) et doit repousser une armée turque (juillet) avant de s'embarquer pour la France (août).

Face à ces déboires militaires, aux difficultés économiques et à l'aggravation du déficit public, qui oblige à créer de nouveaux impôts, le discrédit du régime est à son comble. Sieyès, qui en a dénoncé les faiblesses depuis 1795, devient directeur en mai 1799, en remplacement de Reubell, et prépare un coup d'État pour établir un exécutif fort. En juin 1799, il impose, avec Barras, un remaniement du collège directorial, faisant élire des directeurs jacobins, grâce à l'appui de l'armée. Les conjurés trouvent en Bonaparte, de retour d'Égypte le 9 octobre, le chef prestigieux qui leur manquait. Avec la complicité des directeurs et du propre frère du général, Lucien Bonaparte, alors président du Conseil des Cinq-Cents, le coup d'État est réalisé les 9 et 10 novembre 1799 (18 et 19 brumaire). Le 10 novembre, le Directoire est aboli par les membres des Conseils, qui acceptent de siéger, et est remplacé par le Consulat. Les pleins pouvoirs sont donnés à trois consuls provisoires - Bonaparte, Sieyès et Ducos -, un triumvirat dirigé de fait par Bonaparte. La Révolution est stabilisée dans un régime autoritaire, qui garantit les mutations sociales antérieures et s'appuie sur l'armée nationale.