Terme très général désignant la fraction stable de la matière organique du sol.
L'humus comprend un ensemble de produits résultant de plusieurs processus de transformation qui s'effectuent, dans le sol, par voie microbienne ou physico-chimique (humification). Les molécules composant l'humus peuvent, sur des sites chargés négativement, retenir les cations. Elles participent ainsi à la capacité d'échange cationique (CEC) des sols (de l'ordre de 200 à 400 meq/100 g). En s'associant avec les argiles, l'humus donne le complexe argilo-humique, dont la CEC du complexe adsorbant est supérieure à la somme des CEC de l'argile et de l'humus.
Sous forêt, l'apport annuel de litière lors de la chute des feuilles renouvelle périodiquement le stock existant en surface. La quantité de matière organique ainsi restituée au sol est de l'ordre de 2 à 4 t par hectare et par an en climat tempéré, mais atteint 10 à 15 t dans les forêts tropicales. Dans le cas de formations herbacées (steppes, prairies...), la décomposition des racines intervient dans l'humification, de façon plus importante qu'en forêt ; le rôle de la rhizosphère à forte densité microbienne est alors très important. Lorsque le sol est cultivé, l'apport de matière organique est discontinu et dépend de l'homme : fumier de ferme, résidus de culture, engrais verts, amendement organiques d'origine urbaine, etc., constituent la matière première de l'humification. Il faut y ajouter cependant les restitutions obligatoires (racines des plantes lorsqu'on ne les récolte pas). Si les apports sont insuffisants, ils n'équilibrent pas les pertes, et la teneur en carbone du sol décroît. En effet, l'activité microbienne du sol dégrade l'humus : c'est la minéralisation. La quantité annuelle dégradée dépend de la nature du sol (teneur en argile, en calcaire, pH), du climat et de l'historique des apports de produits au sol. Pour les régions tempérées, elle varie approximativement de 0,005 à 0,02 kg par kilogramme d'humus et par an.
La composition de la matière organique fraîche joue un rôle déterminant dans la vitesse de sa décomposition, processus préalable à l'humification proprement dite. On dit que cette matière organique est plus ou moins biodégradable. Dans les sols sous forêt, on distingue les litières « améliorantes », riches en azote, qui ont tendance à donner des mulls, et les litières « acidifiantes » qui se décomposent difficilement et donnent souvent des moders ou des mors. Exemples de litières (ou matières organiques enfouies) améliorantes : feuilles d'orme, de frêne, de charme, de tilleul, fumier de ferme bien décomposé, prairies ou engrais verts à base de légumineuses. Exemples de litières (ou matières organiques enfouies) à décomposition difficile : aiguilles de résineux, bruyères, tourbes acides, sciure de bois, pailles très lignifiées (on peut les enrichir en azote avant des les enfouir pour favoriser leur décomposition).
MCGirard