Ensemble des éléments (physiques, chimiques et biologiques) naturels ou artificiels qui, dans la complexité de leur relations, constituent le cadre, le milieu et les conditions de vie de l'homme tels qu'ils sont ou tels qu'ils sont ressentis (définition de la Communauté européenne, 1973).
L'impact de l'agriculture sur l'environnement concerne l'ensemble des modifications que cette activité entraîne sur les qualités physiques, chimiques et biologiques des milieux naturels, de l'eau, de l'atmosphère, utilisés par d'autres acteurs : citadins, pêcheurs, chasseurs, consommateurs d'eau, naturalistes, randonneurs, résidents secondaires...
Certains de ces impacts sont négatifs. Mais l'activité agricole permet également la préservation et le maintien des milieux naturels.
Impacts négatifs liés à l'activité agricole.
Le problème n'est pas nouveau : dès le Moyen Âge, on retrouve les traces de réglementations municipales ayant pour but de maîtriser l'« incommodité » de l'élevage pour le voisinage et, en 1810, paraît un décret sur les « établissements incommodes ». De même, au XIXe siècle et au début du XXe, le souci de protéger la montagne de l'érosion induite par le surpâturage des animaux d'élevage a été l'un des éléments majeurs de la raréfaction de l'élevage caprin dans les régions méditerranéennes. Concernant les productions végétales, l'installation de sucreries à la suite du Blocus continental s'est accompagnée de fortes nuisances dues au pourrissement sur place des cossettes épuisées. Les rizières européennes ont longtemps été des foyers très importants de paludisme. Le rouissage du chanvre et du lin a occasionné d'importantes pollutions des rivières...
L'accélération de la modernisation de l'agriculture, à la fin de la Seconde Guerre mondiale, a entraîné une seconde génération d'impacts et, surtout, a modifié l'échelle d'appréhension des problèmes : à des effets le plus souvent très localisés (autour des élevages, des usines de transformation...) a succédé une pollution beaucoup plus diffuse. Dès les années 1960, en effet, les nuisances des pesticides (ou de leurs résidus) à l'égard de la faune sauvage sont mises en évidence. Cela conduit à l'interdiction du DDT puis à la mise en place de réglementations sévères concernant l'utilisation des produits phytosanitaires et leur homologation. Une autre conséquence de la mécanisation de l'agriculture (et de l'exode rural) est le remembrement, dont les effets sur le paysage (suppression des haies), sur la faune sauvage et le régime des eaux (inondations) ont amené les pouvoirs publics à imposer, en 1975, le principe d'une étude d'impact préalable à toute opération de remembrement. La modification des assolements (diminution des surfaces en prairies et augmentation des cultures de printemps) dans certaines régions de l'Ouest a également eu pour conséquence l'accroissement des phénomènes d'érosion hydrique.
Au début des années 1980, le problème de la contamination des eaux par les nitrates a pris une place prépondérante dans le débat sur les effets de l'intensification de l'agriculture. L'excès de nitrate dans les eaux de boisson est en effet susceptible d'entraîner une maladie du nourrisson : la méthémoglobinémie, qui perturbe la fixation de l'oxygène par les globules rouges. Les productions végétales sont concernées (utilisation excessive d'engrais azotés de synthèse) ainsi que l'élevage (épandage de quantités importantes d'effluents sur des surfaces trop petites, rejet au niveau des bâtiments d'élevage). L'excès de nitrates dans les eaux est également responsable, sur certaines côtes (Bretagne), de la prolifération d'algues marines (également due aux rejets de phosphates issus pour une large part des produits détergents utilisés ailleurs que dans l'agriculture).
Ce problème des nitrates a en fait marqué le début d'une mise en cause de plus en plus globale de l'agriculture quant à ses effets sur l'environnement. À titre d'exemple, la transformation radicale (par l'aménagement hydraulique) des zones humides, milieux semi-naturels au patrimoine faunistique très riche, a été dénoncée de plus en plus violemment, entraînant des conflits entre agriculteurs, naturalistes, chasseurs, ostréiculteurs...