La recherche de la concorde religieuse signifiait l'obtention d'une unité qui ne soit pas un retour pur et simple à l'ancienne religion, mais provienne d'un accord entre les deux partis théologiques. Ce fut l'objet du colloque de Poissy (octobre 1561), où, en présence de Charles IX et de Catherine de Médicis, des théologiens catholiques et protestants se confrontèrent. Mais l'on n'arriva pas à trouver de convergence. Catherine de Médicis promulgue alors l'édit de Saint-Germain (janvier 1562), qui permet aux protestants de célébrer leur culte en dehors des villes et constitue une tentative de tolérance civile, mise en échec par le massacre de protestants en train de célébrer leur culte à Wassy en Champagne (mars 1562), ce qui déclenche les guerres de Religion.

Catherine de Médicis, soutenue par ses conseillers Michel de L'Hospital et Jean Bodin, n'abandonne pas pour autant sa quête de la tolérance civile, et d'autres édits sont promulgués. Mais les massacres de la Saint-Barthélémy (23-24 août 1572 à Paris, septembre et octobre en province) semblent sceller l'échec définitif d'une telle politique, et les édits ultérieurs apparaissent surtout dus à la faiblesse du pouvoir royal. Il faut dire que les violences déchaînées étaient à la fois politiques et religieuses. Politiques : comme dans toute guerre civile, terroriser l'adversaire est un moyen de l'obliger à se rendre. Religieuses : il faut distinguer là les violences protestantes et les violences catholiques qui, dans chaque cas, se trouvent en affinité avec la religion de ceux qui les commettent. Les violences protestantes atteignent essentiellement les signes du sacré. Des prêtres sont tués (« michelade » de Nîmes en 1567), des images sont brisées dans des églises car, de ce point de vue, le rôle médiateur du prêtre ou la vénération des images constituent autant d'« idolâtries ». Les violences catholiques visent, elles, à « purifier » le royaume de la présence de l'« hérésie », qui constitue une « souillure », et, dans cette volonté exterminatrice, on exhibe le corps vaincu de l'hérétique mutilé et même « animalisé ». C'est dans un tel contexte que l'édit de Nantes prend toute sa valeur. Son contenu n'est guère original, car il reprend souvent des dispositions contenues dans des édits précédents. Mais ces dispositions vont être garanties par un roi habile, tenace et fort, et, pour l'essentiel, elles seront respectées pendant plus d'un demi-siècle. Le préambule donne la ligne directrice : mettre un terme à la « fureur » des armes et parvenir (dit Henri IV) « à l'établissement d'une bonne paix et tranquille repos qui a toujours été le but de tous nos vœux et intentions ». La religion catholique restait la religion officielle du royaume et son « exercice » devait être rétabli partout où il avait été aboli. Tous les sujets du roi devaient payer la dîme aux prêtres et les fêtes catholiques être chômées par tous. Ne nous trompons pas d'époque : l'édit est promulgué près de deux siècles avant 1789 ! Cependant, la minorité protestante – réduite à 6 % environ de la population par suite des guerres de Religion – se voit accorder des « privilèges » – c'est-à-dire des droits particuliers – dont ne dispose alors aucune autre minorité religieuse de l'Europe chrétienne (comme l'ont montré les travaux d'Olivier Christin).

Les droits donnés aux protestants peuvent s'énoncer ainsi : une liberté de culte partielle mais consistante, une liberté de conscience et une égalité civile complètes. La liberté de culte existait dans trois cas de figure : le « culte de fief » pour les seigneurs « haut-justiciers », le culte de « possession » là où il se célébrait déjà en 1596 et 1597, et le culte de « concession » dans les faubourgs de deux villes par bailliage. Dans les villes elles-mêmes, le culte était souvent interdit et les protestants parisiens, par exemple, finiront par aller au culte à Charenton. La liberté de conscience était assurée, même là où le culte public n'était pas autorisé, par une série de dispositions minutieuses. Ainsi les protestants pouvaient fréquenter collèges, universités, hôpitaux, établissements de charité sans atteinte à leurs croyances.