À propos d'animaux.
Bouche est employé en général pour les animaux de selle, de trait, de bât et de pâture (cheval, âne, mulet, bœuf, chameau, éléphant, mouton…) et pour la plupart des animaux aquatiques (poissons, grenouille…).
On dit gueule pour les animaux carnassiers (chien, chat, fauves, grands reptiles, poissons prédateurs, etc.).
En zoologie, on emploie bouche dans les deux cas.
À propos de l'homme.
Bouche est l'emploi correct et général.
Gueule est très familier, voire vulgaire, quand il désigne la bouche de l'homme en tant qu'elle lui sert à parler ou à manger.
Ainsi dans des expressions telles que : ouvrir, fermer sa gueule, une sauce qui emporte la gueule, avoir la gueule de bois.
En revanche, les expressions fine gueule (gourmet) et amuse-gueule (menue friandise servie avec l'apéritif) sont admises dans le registre familier (mais en général les restaurants, surtout les plus prestigieux, annoncent des amuse-bouche plutôt que des amuse-gueule dans leurs menus).
Gueule = visage, est familier : une jolie petite gueule, casser la gueule à qqn ; il a ce qu'on appelle une gueule (un visage typé, aux traits vigoureusement dessinés).
En revanche, il est neutre et correct dans la locution gueule cassée, ancien combattant mutilé de la face, d'emploi traditionnel depuis la Première Guerre mondiale.