Encore en tête de phrase, pour marquer une restriction, commande l'inversion du pronom sujet ou du pronom de rappel : « Encore est-il vrai que le nourrisson vit joyeusement de la substance d'autrui » (Alain). Il a promis d'arriver à sept heures précises, encore ne doit-il pas traîner en route.
Après et encore, l'inversion n'est que facultative. Il semble guéri ; et encore, il faut attendre le résultat des examens.
Encore que (+ subjonctif). Elle est compétente et elle est jeune ; encore que la jeunesse ne soit pas forcément un avantage à ce poste. Construction courante.
Encore que (+ indicatif ou conditionnel) : « Encore que cela est vrai en un sens pour quelques âmes » (Pascal). L'emploi de l'indicatif, quoique rare, est correct. On rencontre également le conditionnel, marquant l'éventualité : « Encore qu'un tel souci trouverait à se justifier » (G. Duhamel).
Si encore (+ indicatif imparfait ou plus-que-parfait) = si du moins. Si encore il disait la vérité.
remarque
Encore si (même sens) n'est pratiquement plus employé de nos jours : « Encore si c'était crainte austère » (V. Hugo).